Als Keimzelle des Ortes Muggensturm gilt die Siedlung "Eichelbach". Die damalige Ortskirche, die Margarethenkapelle aus dem 13. Jahrhundert ist heute noch das historisch bedeutungsvollste Bauwerk Muggensturms.

Erstmals offiziell erwähnt wurde die Gemeinde in einem Schriftstück von Papst Cölestin III. am 18. Mai 1193. Es gibt verschiedene Deutungen, wie der interessante Name "Muggensturm" zu Stande kam. Eine davon handelt von der Geschichte, als die Belagerer der Burganlage von den Einwohnern des Ortes mit Bienenkörben beworfen wurden.

Von den Bienen angegriffen flüchteten die Belagerer mit dem Hilferuf "Die Mucken stürmen!". Muggensturm hatte im Mittelalter Stadtrechte und war von Stadtmauer und Burg umgeben und geschützt. Als Grenzstadt zwischen den Herrschaftsgebieten des Grafen von Eberstein im Murgtal und des Markgraf von Baden in Rastatt hatte man aber immer unter den Konflikten zu leiden und so wurde letztendlich Stadtmauer und Burg zerstört und das Stadtrecht abgesprochen.

Auch während der badischen Revolution 1848/49 spielte Muggensturm durch die räumliche Nähe zu Rastatt eine bedeutende Rolle. Viele historische Berichte weisen auf die Kämpfe auf der Gemarkung hin.

Geschichtlich gesehen ist die Entwicklung Muggensturms also sehr interessant. Bis heute hat sich der Ort zu einer attraktiven und modernen Gemeinde entwickelt. Trotz Wahrung eines dörflichen Charakters wurde mit dem stetigen Ausbau der Infrastruktur und zeitgemäßer Wohn- und Industriegebiete ein modernes Ortsbild geschaffen. Wichtige Ziele dabei waren und sind Erhalt und Wiederbelebung des ursprünglichen Ortsbildes, verkehrsberuhigende Maßnahmen sowie Landschafts- und Naturschutz.